Der
Kern der Eisenbahn bestand aus einem Tunnelbau von
(durchschnittlich) 4.6 Meter Durchmesser (woher die ganze Bahn
den Volksnamen "the tubes" bekam). Das Cortlandt
Street Tunnelpaar verband die Jersey City-Pennsylvania Station
mit downtown-Manhattan (dem
Finanzviertel); über diesem Tube-Bahnhof ("T-Bhf")
Hudson Terminal erbaute die H&M den damals größten
Baukomplex der Welt: die zwei 22-stöckigen Hochhäuser "Hudson
Terminal Buildings".
Unter der 6. Avenue in Manhattan verlief ein Tunnelpaar von der 33. Street südwärts 1.9 km bis zur Christopher Street, bog scharf nach Westen ab, unterfuhr nach 1.1 km den Fluß durch das 1874 begonnene Uptown-Tunnelpaar, und verteilte sich unter dem Jersey City Ufer in einen nördlichen kurzen kurvenreichen Tunnel, der in Hoboken endete und in einen südlichen sich in Jersey City mit dem Cortlandt Street-Tunnelpaar vereinenden Tunnel, der sich westlich vom T-Bhf Grove Street an die oberirdische Verlängerung der Bahn verknüpfte. Eine sehr klare Darstellung des unterirdischen Teiles der Tubes ist hier zu sehen.
Der oberirdische Teil begann als eine Einschnittsstrecke durch die Ausläufer des Palisades Kliffes, setzte sich aber dann weiter als Bahndammbau über eine große Marsch ("the meadows") nach Newark fort. Die Strecke westlich von Journal Square (das heißt, fast die ganze oberirdische Strecke) gehörte der Pennsylvania Railroad und war ein Gemeinschaftsbetrieb der H&M und der PRR.